W trakcie sejmu podejmowano szerokie dyskusje dotyczące szlacheckich sądów. Szlachta polska i litewska od dawna zabiegała, by odebrać sądowi sejmowemu kompetencje do rozpatrywania odwołań (apelacji) od wyroków sądów niższych instancji dla szlachty i przekazać je osobno powołanemu stałemu sądowi szlacheckiemu (złożonemu z przedstawicieli szlachty) II instancji. Badania Anny Karabowicz wykazały, że w trakcie sejmu toruńskiego dyskutowano nad zaawansowanym projektem organizacji takiego sądu, jednak na skutek oporu biskupów i sporów o sądzenie spraw religijnych (zwłaszcza o dziesięciny), nie udało się przyjąć stosownej konstytucji. Uczyniono to dopiero na następnym sejmie w 1578 r., kiedy doszło do powołania Trybunału Koronnego (a w 1581 r. także odrębnego Trybunału Litewskiego – dla Wielkiego Księstwa Litewskiego).

Szczególną rolę w obradach sejmowych, a także w rozmowach zakulisowych, odegrały kwestie lokalne związane ze statusem Prus Królewskich. Jeszcze przed rozpoczęciem sejmu zarówno prowincja Pruska (bez Gdańska), jak i miasto Toruń, otrzymały potwierdzenie swoich wolności i przywilejów. Na samym sejmie nie udało się jednak uzyskać zgody na dopuszczenie przedstawicieli wielkich miast Prus Królewskich do senatu, o co zabiegali przedstawiciele Elbląga i Torunia.  

W trakcie obrad szeroko dyskutowane były także inne sprawy lokalne, dotyczące Mazowsza i Litwy.