Najważniejszą kwestią poruszaną przez sejm były oczywiście podatki, jednak sama konieczność ich zebrania – w obliczu eskalacji wojennej i postępów szwedzkich w Prusach Królewskich – nie budziła wątpliwości. 

Kontrowersję budził natomiast postulat utworzenia komisji ds. obrony. Chodziło w zasadzie o delegowanie kompetencji sejmu w zakresie obrony na wąskie grono osób. Komisja miała przygotowywać plany wojenne w sposób tajny, zastrzegając całemu sejmowi jedynie rolę formalnego potwierdzenia ustaleń komisji. Jak podkreśla Jan Seredyka, powołanie takiego ciała oznaczałoby głęboką reformę sejmu Rzeczypospolitej: 

Zniosłaby bowiem odrębne, ciągnące się często przez wiele dni, bezproduktywne sesje izby poselskiej, a w trakcie połączonych obrad z senatem nie dopuszczałoby do głosu w dyskusji nikogo prócz wyznaczonych uprzednio deputatów. Stworzyłoby to […] warunki do znacznie szybszego niż dotychczas opracowania i przekazania do wspólnego zatwierdzenia na konkluzji projektów ustaw.

Szlachta była gotowa przystać na działanie komisji, postawiła jednak pewne warunki. Po pierwsze nie zgadzała się na pełną tajność prac komisji, proponując, by jej obradom mogli się przysłuchiwać posłowie i senatorowie (z wyłączeniem osób postronnych). Po drugie posłowie żądali, by w posiedzeniach komisji nie uczestniczył król, co miało dać jej członkom więcej samodzielności i swobody w wypowiedziach. Posłowie przedstawili również szczegółowy program prac komisji złożony z 16 punktów (por. grafiki obok).

W trakcie sejmu debatowano także nad prośbą Jerzego Wilhelma Hohenzollerna elektora brandenburskiego (wizerunek obok), o pozwolenie na przejście wraz z armią z Brandenburgii do Księstwa Pruskiego. W zamian za spełnienie prośby elektor obiecywał przyłączenie się do wojny ze szwedzkim najeźdźcą i zaatakowanie portu w Pilawie w celu jej odzyskania. Część posłów podejrzewała elektora o chęć połączenia się z armią Gustawa – swego powinowatego i współwyznawcy – przeciwko Rzeczypospolitej. Oskarżano Hohenzollerna o sprzyjanie szwedzkiej napaści. Wskazywano również, że jako lennik Rzeczypospolitej powinien on pomóc zbrojnie Rzeczypospolitej bez stawiania jakichkolwiek dodatkowych żądań. Inni argumentowali, że potencjalne prusko-brandenburskie działania zbrojne przeciwko Szwedom byłyby opłacalne dla interesów polsko-litewskich. Należało zatem wyrazić zgodę na prośbę księcia. Ostatecznie król zdecydował o oddaniu tej sprawy do swobodnej decyzji hetmana Koniecpolskiego.

W trakcie dyskusji sejmowej podniesiono kwestię sukcesji tronu na wypadek śmierci Zygmunta III. Sugestię taką miał wyrazić w wotum kanclerz Wacław Leszczyński. Jak zanotował kronikarz, biskup przemyski Paweł Piasecki:

Na tymże sejmie jeden z poważniejszych senatorów, a nawet sprawujący urząd kanclerza, wtrącił był nawiasem wniesienie, aby Rzeczpospolita w tak niebezpiecznym swym stanie wyznaczyła królowi następcę, wskazując palcem Kazimierza, wtórego syna królewskiego; głos ten przejął zgrozą sejmujące stany, powstała ogromna wrzawa i chciano domagać się kar prawnych na mówcę, ale wgląd na trudne okoliczności nakazał umilknąć obrazie powszechnej.

Wypowiedź kanclerza była bardzo kontrowersyjna. Podawał on przykłady elekcji i desygnacji monarchy za życia poprzednika (m.in. Ludwika Węgierskiego czy Zygmunta II Augusta). Krytykował również poprzednie trzy elekcje po śmierci ostatniego Jagiellona. Wybór Henryka Walezego nazywał „chytrym”, Batorego „swarliwym”, zaś elekcję Zygmunta określił jako „krwawą”, nawiązując niewątpliwie do bitwy pod Byczyną (1588), w której drugi elekt – arcyksiążę Maksymilian Habsburg – został ostatecznie pokonany w walce o tron Rzeczypospolitej.  

Historycy wskazują, że kanclerz działał na wyraźne polecenie króla. Zygmunt III miał zamiar przetestować reakcję opinii publicznej na postulat elekcji za życia poprzednika (elekcji vivente rege). Wypowiedź Leszczyńskiego stanowiła zakamuflowaną „troskę” o ciągłość władzy w okresie wojny, jednocześnie była odpowiedzią na „machinacje” cudzoziemskich dworów mogących próbować skorzystać z okazji i ingerować w wybór przyszłego polskiego króla. Odpowiedź większości senatorów i posłów była bardzo negatywna, a sam kanclerz Leszczyński naraził się tą wypowiedzią na zniewagi i poważne zarzuty pod swoim adresem. Decydujące okazało się przywiązanie do praw szlacheckich, w tym do jakże ważnego prawa do wolnej elekcji. Jak tłumaczył marszałek sejmu w mowie skierowanej do króla: 

Uniżenie prosimy, aby to w myśl Waszej Królewskiej Mości Pana Naszego Miłościwego nie wchodziło. I owszem, aby nas Wasza Królewska Mość przy prawie naszym od przodków Waszej Królewskiej Mości i od samego Waszej Królewskiej Mości nadanym zachować raczył. Byłyć wprawdzie przykłady Kazimierza Wielkiego i Ludwika, Jagiełła, Kazimierza III, więc i króla Zygmunta, dziada Waszej Królewskiej Mości, którzy pokazują tę durante vita pricipum substytucyją [czyli zastępstwo na tronie w czasie życia monarchy]. Ale te same wielką pokazały inkonweniencyję [czyli zrodziły wielkie spory/ kłopoty] i per subsequens leges są ułacnione [czyli zostały uregulowane przez późniejsze prawa].