Król Stefan Batory przebywał w Toruniu dość długo, nie tylko podczas sejmu. Przybył do miasta już 26 sierpnia 1576 r., wyjechał na krótko 2 września, i powrócił już 10 września, by pozostać w nim nieprzerwanie aż do 21 stycznia 1577 r. Monarcha musiał być zadowolony z gościny w Toruniu, skoro po zawarciu pokoju z Gdańskiem spędził w nim święta Bożego Narodzenia w 1577 r.

Przywitanie Batorego w trakcie jego pierwszego przybycia do Torunia w świetle zachowanych opisów kronikarskich wyglądało następująco: król wjechał do miasta przez Bramę Żeglarską, co sugeruje, że podróżował Wisłą. Po przekroczeniu murów miejskich został przywitany przez całą Radę i Ławę Miejską. Mowę powitalną w imieniu miasta wygłosił Jerzy am Ende, a monarsze wręczono klucze do miasta. W imieniu króla na powitanie odpowiedział podkanclerzy koronny Jan Zamoyski, który w jego imieniu złożył przyrzeczenie potwierdzenia przywilejów miejskich. Po uroczystościach powitalnych przy bramie król przy dźwięku bicia dzwonów udał się do Kościoła Świętych Janów, gdzie odśpiewano Te Deum laudamus. Następnie królewski orszak odprowadzono do Ratusza, w którym władca zamieszkał.

Wieczorem pierwszego dnia pobytu króla władze miejskie wydały uroczystą ucztę. Z zachowanych źródeł wynika, że w celu jej przygotowania zakupiono 28 wołów, 92 barany, 5 kop kur (czyli ok. 300 sztuk), 3 kopy gęsi, 3 beczki soli, beczkę masła, 10 połci słoniny. Na potrzeby koni z orszaku królewskiego przeznaczono 18 łasztów (czyli ok. 26 ton owsa). 

Należy przypuszczać, że wjazd króla Zygmunta do miasta wyglądał podobnie, choć nie zachowały się takie opisy. . . Specyficzne wojenne okoliczności sugerują, że mógł on być jedynie mniej wystawny. Wiemy jednak, że w 1593 r., gdy król podróżował m.in. przez Toruń, by objąć władzę w Królestwie Szwecji, przy bramie powitali go dygnitarze z prowincji pruskiej: Mikołaj Działyński wojewoda chełmiński, Jerzy Konopacki kasztelan chełmiński i Stanisław Działyński kasztelan elbląski, wraz z przedstawicielami Wielkich Miast Pruskich w asyście całej toruńskiej Rady Miejskiej. Uroczystość ochraniało stu królewskich hajduków. Władcę w imieniu Torunia witał przemową burmistrz Henryk Stroband, wręczając monarsze klucze do miasta. Król jechał przez miasto konno, jego orszak poprzedzała idąca pieszo Rada Miejska. Towarzyszące monarsze królowa Anna z Habsburgów oraz królewna Anna Wazówna (siostra Zygmunta), wiezione były powozami. Monarcha, królowa oraz królewna zamieszkali w Ratuszu, który na znak żałoby po śmierci ojca króla – króla Szwecji Jana III Wazy –  ozdobiono czarnym suknem.

W 1598 r. przed wyprawą po utwierdzenie korony szwedzkiej król również zatrzymał się w Toruniu. Tym razem przybył drogą wodną – przypłynął wraz ze swoją świtą Wisłą na 11 wielkich barkach, którym towarzyszyły także mniejsze statki rzeczne. Król wysiadł na nabrzeżu i wkroczył do miasta przez Bramę Żeglarską. Przemowę powitalną wygłosił burmistrz toruński Jerzy am Ende. W trakcie powitania – co zwróciło uwagę współczesnych – król podał rękę do ucałowania najpierw przedstawicielom szlachty i mieszczan toruńskich, a dopiero później senatorom. Następnego dnia król Zygmunt skrytykował władze miejskie za to, że jego komnata nie została obita czarnym suknem na znak żałoby po niedawno zmarłej królowej Annie.  

Warto zwrócić uwagę, że przybycie dworu królewskiego do Torunia Wisłą – choć szybkie i dość wygodne – mogło być niebezpieczne. Ciekawą relację na temat podroży króla Władysława IV, syna Zygmunta III (drugiego Wazy na polskim tronie) z roku 1635, zostawił pamiętnikarz Albrycht Stanisław Radziwiłł:

Król powitał Toruń i sam został przez niego przywitany. Przestrzeżony przez mego brata stryjecznego, marszałka nadwornego litewskiego [Aleksandra Ludwika Radziwiłła], że trudny dostęp do brzegu uniemożliwiał przybycie Wisłą, wjechał nie statkiem, lecz kolasą. Gdy marszałek płynął wysłany przez króla o dzień wcześniej do Torunia, by miasto przygotowało się na powitanie pana, jego statek porwany prądem został zniesiony w szybkim pędzie ku mostowi, siłą wody prawie już zdruzgotanemu, a ster wyrwał się z rąk sternika i statek ledwo dawał się utrzymać albo kierować wiosłami; tak zwątpiono o ocaleniu, że kiedy przypływano obok dużej ilości spławianego wodą drewna jeden po drugim wyskakiwali ze statku i wielu z nich, a także sam marszałek, przypadkiem padało grzbietem na pnie, zaś statek zatrzymano w cudowny sposób. Usłyszawszy o niebezpieczeństwie, król zatrzymał się o milę przed miastem i zmieniwszy zamiar, uroczyście drogą kołową wjechał do miasta. Mieszczanie okazywali mierną radość przeczuwając, że przyjazd pociągnie za sobą niemiłe owoce z ogrodu Marsa, ale królowi i dworowi przygotowano przystojny poczęstunek.