Podjęcie decyzji o pospolitym ruszeniu jako podstawowej formie prowadzenia wojny dotyczyło zarówno działań zbrojnych prowadzonych przeciwko Gdańskowi, jak i kampanii obronnej przeciwko Państwu Moskiewskiemu. To drugie ustalenie było z punktu widzenia szlachty litewskiej kontrowersyjne. Obywatele Wielkiego Księstwa Litewskiego protestowali przeciwko używaniu koronnego (czyli z terytoriów Polski) pospolitego ruszenia w operacji przeciwko carowi Iwanowi IV Groźnemu. Działania takiej – jak uczyło wcześniejsze doświadczenie – niezdyscyplinowanej armii zawsze wiązały się z dużymi spustoszeniami terytoriów, przez które wojska te przechodziły. W tym przypadku chodziło o tereny Wielkiego Księstwa Litewskiego. Jednocześnie posłom i senatorom litewskim zależało na znacznym finansowym wsparciu ze strony Korony (decyzje dotyczące uchwalenia odpowiednich podatków nie zapadły na sejmie 1576 r.), tak, aby można było skutecznie przeciwstawić się atakowi wojsk cara Iwana IV w Inflantach (potencjalnie mógł on objąć bezpośrednio także część obszaru Wielkiego Księstwa Litewskiego). Po kilku latach rozejmu w wojnie inflanckiej (1570–1573) wojska moskiewskie od początku 1575 r. prowadziły bowiem nowe działania zaczepne, stopniowo zdobywając kolejne terytoria inflanckie. Zbyt szczupłe siły litewskie, dowodzone przez kasztelana wileńskiego Jana Hieronimowicza Chodkiewicza, nie były w stanie ich powstrzymać (tylko na krótko udało się tam zawrzeć kolejny rozejm). Litwini chcieli zresztą na sejmie toruńskim wypracować szerszy i działający automatycznie mechanizm pomocy wojskowej Korony Polskiej Wielkiemu Księstwu Litewskiemu w razie jego zagrożenia (lub też zagrożenia Inflant). Porozumienia w tej sprawie jednak nie wypracowano. Stąd protestacja (protest) złożona przez nich podczas sejmu.